2020년도 조세지출 기본계획

2020년도 조세지출 기본계획

2020.03.24.

 

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「2020년도 조세지출 기본계획」 수립

□ 정부는 3월 24일(화) 국무회의를 개최하여 「2020년도 조세지출 기본계획」을 의결하였음

 ㅇ 조세지출 기본계획은 「조세특례제한법」에 따라 매년 기획재정부 장관이 작성하여 국무회의 심의를 거쳐 각 부처에 통보하는 ‘조세특례의 운용 및 제한에 관한 계획’임

 ㅇ 동 계획은 조세지출 현황․운영성과 및 향후 운영방향을 제시하고, 각 부처가 기존 조세특례를 평가하여 신규 조세지출을 건의할 때 필요한 지침을 제공하기 위한 것임

□ 「2020년도 조세지출 기본계획」의 주요 내용은 다음과 같음

1. 2019년 조세지출 현황 및 운영성과

 ㅇ (현황) ’19년 국세감면액은 50.1조원, 국세감면율은 14.6% 수준으로 추정

    저소득층 지원확대*와 재정분권 강화* 등으로 국세감면율이 국세감면한도**를 다소 상회할 것으로 추정

    * 근로장려금․자녀장려금 확대에 따른 국세감면액 증가(’19년 +3.9조원)지방소비세 확대에 따른 국세수입액 감소(’19년 △3.5조원, ’20년 △5.1조원)

   ** 국가기획재정부 장관은 국세감면율이 국세감면한도(직전 3개년도 평균 국세감면율+0.5%p) 이하가 되도록 노력하여야 한다(「국가재정법」 §88)

구 분
’18년(실적)
’19년(추정)
’20년(전망)
▪ 국세감면액(A)
44.0
50.1
51.9
▪ 국세수입총액(B)
293.6 (302.7)
293.5 (306.7)
291.2 (309.2)
▪ 국세감면율[A/(A+B)]
13.0 (12.7)
14.6 (14.1)
15.1 (14.4)
▪ 국세감면한도
14.0 (13.6)
13.6 (13.3)
14.0 (13.6)
(단위: 조원, %)

   * ( ) 안은 지방소비세 배정 이전 수치

 ㅇ (운영성과) 투자활력 제고, 혁신성장 등을 위한 조세지출 기능은 강화*하되, 조세지출 성과관리 내실화도 추진**

    * 생산성향상시설 투자세액공제 한시 상향, 신성장 R&D비용 세액공제 확대 등

   ** 예비타당성 면제요건 강화 등

2. 2020년 조세지출 운영방향

 ❶ (엄격한 조세지출 관리) 코로나19 대응 등 경제활력 회복을 중심으로 조세지출을 운영하되, 감면한도 준수 노력은 강화

 ❷ (성과평가 강화) 예비타당성평가 및 심층평가를 차질없이 시행하고, 평가결과를 세법개정안에 적극 반영

 ❸ (성과관리체계 개선) 예비타당성평가 등의 질적 제고를 위한 기관 간 협력 및 조세지출 내역의 정확성 제고 노력 지속 

□ 기획재정부는 3월말까지 동 기본계획을 각 부처에 통보하고,

 ㅇ 4월말까지 각 부처의 조세지출 평가서․건의서를 제출받아 부처협의 등을 거쳐 2020년 세법개정안에 반영할 계획임

 <붙임> 「2020년도 조세지출 기본계획」

기획재정부 대변인
세종특별자치시 갈매로 477 정부세종청사 4동 moefpr@korea.kr

2020년도 조세지출 기본계획
2020. 3.
이 자료는 2020년 3월 24일(화) 10:00
부터 사용하여 주시기 바랍니다. 목 차
제1편 2020년 조세지출 운영방향 ······························· 1
Ⅰ. 조세지출 기본계획 개요 ·············································· 2
1. 의 의 ················································································· 2
2. 운영절차 ··············································································· 2
Ⅱ. 조세지출 현황 및 운영성과 ········································ 4
1. 조세지출 현황 ····································································· 4
2. 조세지출 운영성과 ····························································· 6
Ⅲ. 2020년 조세지출 운영방향 ········································· 8
1. 조세지출 운영 여건 ··························································· 8
2. 조세지출 운영 목표 및 방향 ··········································· 9
3. 조세지출 기본 운영방향 ················································ 10
4. 분야별 세부 운영방향 ···················································· 16
제2편 2020년 조세지출 건의서 및 평가서 작성지침 ··18
Ⅰ. 조세지출 건의 및 평가 제도 개요 ····························19
1. 의 의 ················································································19
2. 조세지출 건의서 ································································19
3. 조세지출 평가서 ································································20
Ⅱ. 2020년 부처별 조세지출 평가서 및 평가계획서 작성항목··21

- 1 -
제1편
2020년 조세지출 운영방향
- 2 -
Ⅰ. 조세지출 기본계획 개요
1 의 의
□ 국가재정법 및 조세특례제한법은 국세감면 제한 및 조세지출의
성과제고 등 조세지출의 효율적 관리를 규정
ㅇ (국세감면 한도관리) 당해연도 국세감면율이 “직전 3개년 평균
감면율 + 0.5%p” 이하가 되도록 노력(국가재정법 §88)
ㅇ (조세지출 성과제고) 예비타당성평가.심층평가.부처 자율
평가 등 조세지출 성과평가 및 제도개선(조세특례제한법 §142)
⇒ 조세지출의 효율적 관리를 위한 기본계획*을 매년 수립
* 조세특례제한법 제142조(조세특례의 사전.사후관리) ① 기획재정부장관은
매년 3월 31일까지 조세특례 및 그 제한에 관한 기본계획을 수립하여 국무
회의의 심의를 거쳐 중앙행정기관의 장에게 통보하여야 한다.
2 조세지출 기본계획 운영절차
□ (기본계획 수립.통보) 기획재정부장관은 조세지출 기본계획을
국무회의 심의를 거쳐 매년 3.31.까지 각 부처에 통보
□ (건의서.평가서 제출) 각 부처는 조세지출 기본계획에 따라 조세
지출 건의서.평가서를 매년 4.30.까지 기획재정부장관에게 제출
ㅇ 조세특례의 신설 또는 확대가 필요한 경우, 목적.정책효과.
연도별 세수효과 등을 포함한 조세지출 건의서 제출
ㅇ 일몰기한이 도래하는 조세특례 사항 등*에 대해 조세지출의
효과 및 존치여부 등에 대한 자율평가 결과 및 의견 제출
* ① 일몰기한이 도래한 조세특례 ② 시행 후 2년 이내인 조세특례
③ 범위를 확대하려는 조세특례 ④ 기타 재검토가 필요한 조세특례

- 3 -
별 첨 조세지출 성과평가 제도 개요
. (예비타당성평가) 조세지출의 신설 또는 기존 조세지출의
변경에 따른 세수효과가 연간 300억원 이상인 경우, 제도의
필요성.적시성.기대효과.예상 문제점 등을 평가
ㅇ 각 부처는 예비타당성평가 대상 조세특례를 세법개정안에
반영하고자 할 경우 전년도 8.31.까지 기획재정부장관에게
예비타당성평가를 요구
* 필요시 해당연도 1.31.까지 추가 예비타당성평가 요구 가능
ㅇ 기획재정부장관은 전문 조사.연구기관의 예비타당성평가
결과를 세법 개정 법률안에 첨부하여 국회에 제출
. (의무심층평가) 일몰기한이 도래하는 조세지출 중 연간 감면액
300억원 이상인 경우, 제도의 목표달성도.경제적 효과.
소득재분배 효과.재정영향 등을 평가
ㅇ 기획재정부장관은 전문 조사.연구기관의 심층평가 결과를
일몰기한이 도래하는 해의 다음 회계연도 개시 120일 전
까지 국회에 제출
. (임의심층평가) 의무 심층평가 대상은 아니나 조세지출의
효율성 제고를 위해 심층평가가 필요한 제도에 대해 평가
< 임의심층평가 대상 >
. 유사 조세특례에 대해 일괄 평가가 필요한 사항
. 감면액의 지속적 증가 예상으로 조세지출 효율화가 필요한 사항
. 조세특례 의견서 확인.점검 결과 심층평가가 필요한 사항
. 장기간 운영되었으나 객관적 성과평가가 미흡했던 사항
. 그 밖에 기재부장관이 심층평가가 필요하다고 인정하는 사항
. (부처자율평가) 일몰기한이 도래하는 조세지출 등에 대해
부처에서 자율평가한 결과를 기획재정부장관에게 제출
- 4 -
Ⅱ. 조세지출 현황 및 운영성과
1 조세지출 현황
□ (국세감면액.국세감면율)
ㅇ ’19년 국세감면액은 50.1조원(추정), 국세감면율은 14.6% 수준
ㅇ 경제활력 회복 및 고용.소득양극화 대응, 국세수입 감소
등으로 국세감면율* 상승 전망
* (’16년) 13.4% (’17년) 13.0% (’18년) 13.0% (’19년 추정) 14.6% (’20년 전망) 15.1%
(단위: 조원, %)
구 분 ’18년(실적) ’19년(추정) ’20년(전망)
. 국세감면액 (A)* 44.0 50.1 51.9
. 국세수입총액 (B)** 293.6 293.5 291.2
. 국세감면율 [A/(A+B)]*** 13.0 14.6 15.1
* 국세감면액 : (’19~’20년) ’20년도 조세지출예산서 상 전망치
** 국세수입총액 : (’18~’19년) 실적치, (’20년) 추경예산 국회확정 안
*** 지방소비세 배분전 국세수입총액 기준 감면율(%): (‘18년) 12.7 (’19년) 14.1 (‘20년) 14.4
□ (분야별 현황) ’19년의 경우 근로자ㆍ농어민ㆍ중소기업 지원
분야와 R&D.투자.고용 분야가 71.1%를 차지
(단위: 조원, %)
구 분
’18년
(실적)
’19년
(추정)
’20년
비중 비중 (전망) 비중
. 근로자 지원(EITC 포함) 16.7 38.0 21.7 43.3 22.0 42.4
. 농림어업 지원 5.7 13.0 6.0 12.0 6.2 11.9
. 중소기업 지원 2.8 6.3 2.7 5.4 2.8 5.4
. 연구개발(R&D) 2.8 6.3 2.6 5.2 2.9 5.6
. 투자촉진ㆍ고용지원 2.5 5.7 2.6 5.2 2.9 5.6
. 기 타 13.5 30.7 14.5 28.9 15.1 29.1
합계 44.0 100.0 50.1 100.0 51.9 100.0

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□ (수혜자별 현황) ’19년 감면액 50.1조원 중 개인 감면액은
31.2조원, 기업 감면액은 18.6조원
ㅇ 개인 감면액 중 68.9%가 서민ㆍ중산층에 귀속
ㅇ 기업 감면액 중 75.8%가 중소ㆍ중견기업에 귀속
(단위: 조원, %)
구 분
’18년
(실적)
’19년
(추정)
’20년
비중 비중 (전망) 비중
개인
. 중ㆍ저소득자 16.5 65.1 21.5 68.9 21.8 68.2
. 고소득층 8.9 34.9 9.7 31.1 10.2 31.8
계 25.4 100.0 31.2 100.0 32.0 100.0
기업
. 중소기업 12.2 66.4 13.5 72.6 14.2 72.3
. 중견기업 0.5 3.1 0.6 3.2 0.6 3.0
. 상호출자제한기업 3.2 17.3 2.2 11.8 2.4 12.3
. 일반기업 2.4 13.2 2.3 12.4 2.4 12.4
계 18.3 100.0 18.6 100.0 19.6 100.0
구분곤란* 0.3 0.3 0.3
총 계 44.0 50.1 51.9
* 비거주자 수혜 대상 항목, 귀착이 불분명한 양도소득세 등
□ (항목별 현황) 전체 조세지출 항목수는 237개
ㅇ 금년에 일몰기한이 도래하는 항목은 46개(6.4조원)
(단위: 개, 조원, %)
일몰기한 ’20년 ’21년 ’22년 이후 일몰기한 없음 합계
. 항목수* 46 86 23 82 237
. 조세지출액**
(비중)
6.4 5.4 2.3 28.5 42.6
15.0 12.7 5.4 66.9 (100.0)
* ’20년 부분일몰 5건(중소기업 사회보험료 세액공제 등)은 최종일몰 기간으로 집계
(’21년 3건, 일몰기한 없음 2건)
** 조세지출액은 ’20년도 조세지출예산서의 ’18년 실적금액(경과규정 제외)
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2 조세지출 운영성과
. 경제활력 회복 및 일자리 창출을 위한 조세지출 기능 강화
□ (경제활력 회복) 미래 성장동력 확보를 위해 투자 분위기
확산 및 혁신성장에 대한 세제지원 강화
ㅇ 투자활력 제고 : 생산성향상시설 투자세액공제율 한시 상향,
설비투자자산 가속상각특례 확대 등
ㅇ 혁신성장 : 신성장.원천기술 R&D비용 세액공제 대상 추가,
창업 중소기업 세액감면 대상 업종 확대 등
□ (일자리 지원) 취약계층의 일자리 창출 및 일자리의 질 향상을
위해 조세지출 제도를 고용 친화적으로 운영
ㅇ 경력단절여성 고용기업 세액공제 요건 완화, 상생형 지역일자리
기업에 대한 지원 신설 등
□ (조세지출관리) 경제활력 제고 및 일자리 창출에 대한 지원은
강화하되, 불필요한 비과세.감면은 지속 정비*
ㅇ 석유제품 전자상거래 세액공제 축소, 비과세종합저축 과세특례
대상 조정 등
* 일몰도래 조세특례 정비율(%, 정비항목 개수/일몰도래 항목 개수)
(’17년) 24(12개/51개) (’18년) 15(13개/89개) (’19년) 24(8개/34개)
ㅇ 다만, 저소득층.중소기업 지원 확대 및 국세수입 정체 등
으로 ’19~‘20년 국세감면율은 국세감면한도를 다소 상회할 전망
구 분 ’18년(실적) ’19년(추정) ’20년(전망)
. 국세감면액(A) 44.0 50.1 51.9
. 국세수입총액(B)* 293.6 (302.7) 293.5 (306.7) 291.2 (309.2)
. 국세감면율[A/(A+B)]* 13.0 (12.7) 14.6 (14.1) 15.1 (14.4)
. 국세감면한도** 14.0 (13.6) 13.6 (13.3) 14.0 (13.6)
(단위: 조원, %)
* ( ) 안은 지방소비세 배정 이전 수치
** 국세감면한도(국가재정법 §88) = 직전 3개년도 평균 국세감면율 + 0.5%p

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. 조세지출 성과관리 내실화
□ (시행성과) 예비타당성.심층.자율평가를 통해 조세지출의
사전.사후 관리를 강화
ㅇ (예비타당성평가.의무심층평가) 예비타당성평가(신규 2건),
심층평가(’19년 일몰, 3건)를 실시하여 ’19년 세법개정안에 반영
§ 예비타당성평가 결과, 타당성이 높은 1건 도입
§ 심층평가 결과를 세법개정안(1건 축소, 1건 확대 및 1건 일몰연장)에 반영
ㅇ (임의심층평가) 국회 지적 등 평가 필요성이 있는 제도(13건)에 대해
평가하여 ’19년 세법개정안 반영(8건*) 및 ’20년 반영 예정(5건**)
* 의약품 품질관리 개선시설투자 세액공제, 산업재산권 현물출자 이익 과세특례 등
** 외국인관광객 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 환급 등
ㅇ (부처자율평가) 부처의 자율평가에 대한 전문연구기관의 평가
의견을 ’19년 세법개정안 마련 시 적극 활용*
* 사회적기업 및 장애인 표준사업장 법인세 감면 등 자율평가 우수 사례 18건 일몰연장
□ (제도개선) 성과관리 실효성 제고를 위한 관련규정 정비
ㅇ (성과평가 강화) 예타 및 의무심층평가 면제요건을 강화*하여
성과평가를 적극적으로 수행하도록 법령 개정
* (예비타당성평가) 경제.사회적 대응을 위한 경우 국무회의 심의 요건 추가
(의무심층평가) 최근 평가를 거쳤음을 이유로 하여 면제가 가능한 기간을
3년 → 2년으로 축소
ㅇ (평가기간 확대) 평가 수행기간을 5개월에서 7개월 이내로
확대하여 연구진에게 분석에 필요한 충분한 시간 부여
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Ⅲ. 2020년 조세지출 운영방향
1 조세지출 운영 여건
. 코로나19 사태 등으로 대내외 경제 전반의 어려움 확대
□ (대외여건) ’20년 세계경제는 당초 완만한 개선이 예상되었으나,
코로나19 사태 영향 등으로 작년 보다 성장세 둔화 예상
세계경제 성장률 전망(OECD, ’20.3월)
‘18년 ‘19년(추정) ‘20년(전망) ‘21년(전망)
세 계 3.5 2.9 2.4 3.3
G20 3.8 3.1 2.7 3.5
ㅇ 코로나19의 전세계 확산, 국제유가 하락 등으로 국제금융시장
변동성도 확대되는 등 글로벌 경제의 불확실성이 커지는 상황
□ (대내여건) 작년말 이후 전반적으로 경기 개선 흐름이 나타나고
있었으나, 최근 코로나19 확산 영향 등으로 경제활동과 경제
심리가 위축되고 실물경제ㆍ금융시장의 불확실성 확대
ㅇ 생산가능인구 감소 가속화, 총요소생산성 둔화 추세 등도
우리 경제의 성장동력 확충을 구조적으로 제약
* 생산가능인구 증감(만명) : (’19) △5.6 (’20) △23.1
. 세입여건
□ 제도적ㆍ경기적 요인 감안 시, 세입여건이 나아지기 쉽지 않을 전망
ㅇ 재정분권에 따라 부가가치세가 지방으로 추가 이양*
* 지방소비세율 인상 : (당초) 11% → (’19년) 15% → (’20년) 21%
ㅇ ’19년 반도체 가격하락 등에 따른 기업실적 부진 등으로 세수
여건상 어려움 예상

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2 조세지출 운영 목표 및 방향
정책
비전
국민에게 신뢰받는 조세지원
정책
목표
. 조세지출의 효율성 및 형평성 제고
. 코로나19 신속한 대응을 통한 경제 회복
. 일자리 창출 . 혁신성장 지원
운영
방향
. (정비)
성과평가결과 반영
및 적극 정비
. (신규 요구)
예비타당성평가 실시
. 성과평가의 질적
제고
. (신설)
필요시 제한적 허용
. (기존 항목)
심층평가 실시
. 부처별 자율평가
내실화
. (관리)
실효성 제고 및
과다 지원 방지
. 조세지출 내역
정확성 제고
조세지출
운영원칙
엄격한
조세지출 관리
성과평가 강화 성과관리체계 개선
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3 조세지출 기본 운영방향
. 엄격한 조세지출 관리
□ (운영원칙) 경제활력 제고 중심으로 조세지출을 운영하되,
조세지출을 엄격히 관리하여 국세감면한도 준수 노력 강화
① (정비) 일몰기한이 도래하는 비과세.감면제도는 성과평가
결과 등을 토대로 불요.불급한 사항부터 적극 정비 추진
§ 정책목적이 달성되거나 실효성이 없는 제도 등은 원칙적
으로 종료 또는 재설계 검토
② (신설) 코로나 19 대응 등 위기극복, 일자리 창출.혁신성장 등
미래 성장동력 확충을 위해 필요한 경우에 한해 제한적 허용
§ 강화된 예비타당성평가 면제 요건* 등을 적용하여 정책성.
효과성이 평가되지 않은 조세지출 신설은 억제
* “경제.사회적 대응”을 위한 경우, 국무회의 심의를 거친 후 면제 가능
③ (관리) 경제 활성화 등 정책목적 달성에 실질적 지원이 되도록
기존 조세지출 제도의 효율성 제고
§ 원칙적 최저한세 적용* 및 세출예산 중복 배제 등을 통해
과도한 조세지출 방지
* 이중과세 조정 등 불가피한 경우에 한해 최저한세 적용 배제
□ (운영체계) 각 부처 자율평가 → 조세특례 소관과 심층검토
→ 과장급 이상 심의 등을 통해 심도 있는 검토 실시
* 세법개정안 발표 후 관계부처 협의.입법예고 등을 거쳐 정부안 확정

- 11 -
. 성과평가 강화
□ 예비타당성평가 및 심층평가 시행
ㅇ (예비타당성평가) 부처가 신설 또는 확대를 요구한 조세
지출 3건*에 대해 도입 타당성 평가
* ① 국내여행 숙박비에 대한 신용카드등 사용금액 소득공제 (문체부)
② 코리아세일페스타 기간 중 구입한 물품에 대한 부가가치세 환급 (산업부)
③ 중소기업의 특허 출원·등록·유지 등 비용 세액공제 (특허청)
ㅇ (심층평가) ’20년에 일몰기한이 도래하고 연간 감면액이 300억원
이상인 조세지출 12건*에 대해 성과분석 및 개선방안 마련
* 중소기업에 대한 특별세액감면 등 12건 (별첨1)
□ 조세특례 예비타당성평가 및 심층평가 대상 선정
ㅇ 각 부처의 예비타당성평가 요구사항*, ’21년에 일몰기한이
도래하는 제도(감면액 300억원 이상)는 원칙적으로 평가대상에 포함
* 연간 감면액이 300억원 이상인 조세지출을 세법 개정안에 반영하고자 하는 경우
세법 개정을 건의하는 해의 전년도 8.31.까지 제출 (예비타당성평가 운용지침)
ㅇ 국민경제에 큰 영향이 있거나 조세지출의 효율적 관리를
위해 필요한 경우, 임의심층평가 실시
□ 조세특례 예비타당성평가.심층평가 제도 효율적 운영
ㅇ 예타.심층평가시 고용에 미치는 영향 및 목표달성도 분석
ㅇ 평가의 일관성 및 분석결과의 신뢰성 확보를 위한 제도
운영상 개선사항 발굴 노력 지속
□ 예비타당성평가 및 심층평가 결과 적극 수용
ㅇ 평가 결과에 대하여 정부 세법개정안에 적극 반영 추진
- 12 -
별첨 1 ’20년도 조세특례 예비타당성평가 및 심층평가 대상
구분 평 가 대 상 주요내용
예 타
(3건)
① 국내 숙박비 소득공제
(문체부)
국내 숙박*을 위해 지출한 비용에 대하여
소득공제(30%)
* (숙박업소 범위) 문체부에 등록한 관광숙박업 및
농어촌민박
② 코리아세일페스타
기간 중 구입한 물품에
대한 부가가치세 환급
(산업부)
대한민국 국민이 매년 11월 1일부터 11월
15일 중 대통령령으로 정하는 날짜(1일)에
국세청장이 지정한 업체로부터 대통령령으로
정하는 소비재* 구매 시 관련 부가가치세 환급
* (예) 서비스, 승용차, 차량연료, 의약품 등의 품목을
제외한 소비재
③ 중소기업의 특허 출원·
등록·유지 및 특허정보
조사·분석 비용 세액공제
(특허청)
중소기업의 특허 출원·등록·유지 비용 및
특허정보 조사·분석 비용에 대해 소득세·
법인세에서 25% 세액공제
심 층
평 가
(12건)
① 중소기업에 대한
특별세액감면
소재지·기업규모.업종별로 5～30% 세액감면
(감면한도 : 1억원, 고용인원 감소시 1인당 500만원씩
한도 축소)
② 농업·축산업·임업·어업용
기자재에 대한 부가
가치세 영세율
농어민이 구입하는 비료.농약.사료 등 농.축.임.
어업용 기자재에 대해 부가가치세 영세율 적용
③ 법인의 공장 및 본사를
수도권 밖으로 이전하는
경우 법인세 등 감면,
수도권과밀억제권 밖으로
이전하는 중소기업에
대한 세액감면
.수도권과밀억제권역에서 3년 이상 사업을
영위하던 법인이 수도권 밖으로 공장 및
본사를 이전하는 경우, 이전공장에서 발생
하는 소득 및 본사이전 비율에 따라 산출된
소득에 대해 7년간 100%, 3년간 50%
세액감면
.수도권과밀억제권역에서 2년 이상 사업을
영위하던 중소기업*이 수도권과밀억제권역
밖으로 공장을 이전하는 경우, 이전공장에서
발생하는 소득에 대해 7년간 100%, 3년간
50% 세액감면 * 법인 및 개인사업자

- 13 -
④ 조합법인 등에 대한
법인세 과세특례
개별법으로 설립된 협동조합 등의 재무제표상
당기순이익에 8개 항목만 세무조정 후 단일
세율(9%, 12%)로 법인세 과세
⑤ 금융시장 효율화·안정화를
위한 증권거래세 면제
시장조성자에 대해 증권거래세 면제
⑥ 초연결 네트워크 구축을
위한 시설투자에 대한
세액공제
5G 통신기술을 활용하는 기지국 장비 매입
가액의 최대 3%를 세액공제
⑦ 영농자녀등이 증여받는
농지 등에 대한 증여세 감면
영농자녀가 농지 등을 증여받는 경우 증여세
100% 감면(5년간 증여세액 1억원 한도)
⑧ 전기자동차에 대한
개별소비세 감면
전기자동차 구입 시 발생하는 개별소비세 감면*
* 개별소비세(100%, 최대 300만원) 및 교육세
(개별소비세 30%, 최대 90만원) 감면
⑨ 중소기업 창업투자조합
출자 등에 대한 소득공제
중소기업창업투자조합·벤처기업투자신탁
등에 출자·투자한 금액의 10% 소득공제,
벤처기업 등에 대한 투자금액의 30~100%
소득공제(5천만원 초과 30%, 5천만원이하~3천만원
초과 70%, 3천만원 이하 100%)
⑩ 연안운항여객 선박용
석유류 간접세 면제
연안여객선박에 사용할 목적으로 한국해운
조합에 직접 공급하는 석유류에 대해 VAT,
개별소비세, 교통세, 교육세 및 자동차세
(주행분) 면제
⑪ 온실가스 배출권에
대한 부가가치세 면제
온실가스 배출권 등* 거래에 대한 부가
가치세 면제
* (대상) 배출권, 외부사업 온실가스 감축량, 상쇄배출권
⑫ 중고자동차 의제매입
세액공제 특례
사업자가 중고자동차를 세금계산서를 발급
할 수 없는 개인 등으로부터 매입한 경우
매입세금계산서가 없음에도 불구하고 매입
세액이 있는 것으로 의제하여 일정액을 공제
- 14 -
별첨 2 ’20년도 조세특례 예비타당성평가.심층평가 추진일정
구분
일몰기한 도래 및
기존 주요 제도
신설 제도 기타
1월
금년도 평가 준비
- 평가팀 구성(연구진 등), 사업계획서 작성 등 계약체결 준비
※ (각부처→ 기획재정부) ’20년도 조세특례 신설에 대한
예비타당성평가 추가 요구
2월
～
6월
심층평가 실시
(1월~)
예비타당성
평가 실시
조세특례 건의
양식 및
’21년도
예비타당성평가
실시 안내
* 각 부처에
지침 통보
지침 개선 등
평가
개선사항
발굴
(연중)
6월 평가 내용 검토 및 세법개정안 반영
(6~7월)
7월 세법개정안 발표(7월 중)
8월
(각부처 → 기획재정부)
’21년도 조세특례 신설에 대한
예비타당성평가 요구(8.31.까지)
심층평가 및 예비타당성평가 결과보고서 작성(8월)
9월
～
12월
세법개정안 및 성과평가 결과 국회 제출(9.2.)
’21년도 일몰기한 도래 제도 및
기존 주요 제도 중 심층평가
대상 후보 검토(11월)
예비타당성평가 요구 및 직권
선정에 따른 ’21년도 예비타당성평가
대상 후보 검토(11월)
조세특례 성과평가 자문위원회 개최(12월)
- ’21년도 심층평가.예비타당성평가 대상 선정

- 15 -
. 성과관리체계 개선
□ 예비타당성평가·심층평가의 질적 제고를 위한 협력 강화
ㅇ 기초 데이터의 조기 확보를 통해 본연의 평가에 집중할 수
있도록 관계기관* 간 원활한 데이터 교환체계 구축.운영
* 기재부, 국세청, 평가 수행기관(한국조세재정연구원, KDI), 관련 부처 등으로 구성
ㅇ 조세특례 성과평가 자문위원회를 통해 다양한 연구기법 및
데이터 분석에 대한 자문 실시
ㅇ 예비타당성평가 및 심층평가 시 고용영향평가를 함께 실시
하여 제도개선 사항 발굴
□ 부처별 자율평가의 내실화 지속 추진
ㅇ ’19년 평가서.건의서 우수사례를 선정.공유하고 향후 부처별
평가서 등의 평가결과를 공개*하여 작성의 충실도 제고
* ’21년부터 전년도 부처별 평가서의 평가결과를 집계하여 기본계획에 포함
ㅇ 부처가 평가서 작성 시 소관 조세지출제도의 특성을 고려한
자율항목*을 추가하는 것을 허용하여 평가의 타당성 개선
* 기존 6개 평가항목 외에 제도의 성과를 측정할 수 있는 평가항목
ㅇ 정부 정책방향과 연관성이 높고 내실 있게 작성된 평가서.
건의서의 경우 세법개정안에 반영 추진
□ 조세지출 내역의 정확성 제고 노력 지속
ㅇ 국세청 등과 협력하여 조세지출 예산서의 오류검증을 강화*
하여 조세지출 예산서 신뢰도 제고
* 8월 국세청 실적을 재집계하여 상호대사 과정을 통해 오류 검증
ㅇ 연구용역 등을 통해 개별 세법상 특례항목의 조세지출 여부
판단기준 마련 등 조세지출예산서의 개선사항 발굴
- 16 -
4 분야별 세부 운영방향
① 코로나19 신속대응
□ 감염병 특별재난지역의 피해 지원을 위해 특별재난지역 내
중소기업에 대한 세액감면 신설
□ 소상공인 지원을 위해 임대료를 인하한 임대인에 대한 세제
지원 및 영세 개인사업자에 대한 부가가치세 감면 추진
□ 내수회복을 위해 한시적으로 승용차 개별소비세 인하,
신용카드 등 사용금액 소득공제 확대 및 접대비 한도 확대
□ 안정적 공급망 확보를 위해 해외진출 기업의 국내 복귀에
대한 세제지원 강화
② 일자리 창출
□ 고령자 등 고용 취약계층에 대한 지원 강화 및 비정규직의
정규직 전환 등 일자리 질 향상을 위한 세제지원 지속 검토
③ 혁신성장
□ 미래 성장동력 확보를 위해 신성장.원천기술 R&D비용 세액공제 및
신성장 사업화시설 투자세액공제 대상 지속 조정.확대 검토
□ 혁신성장 생태계 구축을 위해 엔젤투자 소득공제 등 벤처투자
지원세제는 지속 지원하되, 심층평가를 통해 개선방안 검토

- 17 -
④ 내수활성화
□ 국내여행 활성화를 위해 숙박비 등에 대해 신용카드 등
사용금액 소득공제 확대 적용 검토
⑤ 근로자 . 자영업자 . 농어민
□ (근로자) ’19년부터 대폭 확대된 근로ㆍ자녀장려금의 효율적
집행을 위한 개선방안 검토
□ (자영업자) 영세 자영업자의 경영안정을 위해 면세농산물
의제매입세액 공제 특례 등 세제지원 지속 검토
□ (농어민) 농어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용
제도 등에 대해 심층평가를 통해 개선방안 검토
⑥ 중소기업
□ 중소기업의 경쟁력 강화를 위해 중소기업에 대한 지원제도를
고용.투자 친화적으로 개편하는 방안 검토
⑦ 지역발전
□ 지역 경제를 활성화하되, 부당한 감면을 방지할 수 있도록
지역균형발전을 위한 세제지원 개선방안 검토
⑧ 금융
□ 서민.중산층 재산형성 지원 취지에 부합하도록 과세특례
금융상품의 실효성 제고방안 검토
- 18 -
제2편
2020년 조세지출 건의서 및
평가서 작성지침

- 19 -
I. 조세지출 건의 및 평가 제도 개요
1 의 의
□ (개념) 조세지출 제도의 효율적 합리적 운용을 위해
ㅇ (조세지출 건의서) 각 부처로부터 조세지출의 신설 또는
확대에 관한 의견을 수렴
ㅇ (조세지출 평가서) 각 부처의 소관 조세지출의 운영성과에
대한 자율적 평가 실시
□ (근거) 조세특례제한법 제142조 제2항 및 제3항
※ 조세특례제한법 제142조(조세특례의 사전ㆍ사후관리)
② 중앙행정기관의 장은 경제ㆍ사회정책 등의 효율적 수행을 위하여 조세감면이
필요하다고 인정되는 사항에 대하여 조세감면의 목적, 조세감면으로 인하여
기대되는 정책효과, 연도별 예상 세수효과 및 관련 통계자료 등을 포함한
조세감면에 관한 건의를 매년 4월 30일까지 기획재정부장관에게 하여야 한다.
③ 대통령령으로 정하는 조세특례사항에 대하여 중앙행정기관의 장은 조세
감면으로 인한 효과분석 및 조세감면제도의 존치 여부 등에 대한 의견을
매년 4월 30일까지 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.
2 조세지출 건의서
□ 경제 사회정책 등의 효율적 수행을 위해 조세감면의 신설 또는
확대가 필요한 사항에 대해 ‘조세지출 건의서’ 작성.제출
ㅇ 감면액 300억원 미만 조세지출에 대해 조세지출 목적, 정책효과,
연도별 세수효과 및 관련 통계자료 등을 포함한 건의서 제출
※ 연평균 감면액이 300억원이상인 경우에는 예비타당성평가를 요구
ㅇ 새로운 조세감면 요청 시에는 감면액 보충을 위해 기존
감면액의 축소.폐지방안 등을 함께 제출(국가재정법 §88)
- 20 -
3 조세지출 평가서
□ 각 소관부처는 조세감면 효과 분석 및 존치여부 등에 대한
조세지출 평가서를 작성하여 제출
① (평가서 작성) 해당 연도에 일몰기한이 도래하는 조세특례
사항(일몰기한이 없는 사항은 기획재정부장관이 지정한 사항)에 대해
* ’20년 조세지출 평가서 제출사항은 총 94개 항목
(일몰도래 66개, 일몰기한 없는 조세지출 항목 28개)
§ 조세지출의 효과 및 존치여부(범위확대 포함) 등을 자율평가
한 후, 소관 조세지출에 대한 우선순위를 설정
② (평가계획서 작성) ’21년 평가서 작성 예정인 사항 중 제도의
내용변경 등으로 성과지표 재설정이 필요한 사항에 대해
새로운 성과지표 및 목표, 관련 자료 확보 방안 등을 제시
* ’20년 조세지출 평가계획서 제출사항은 총 44개 항목
③ (기타사항)
§ 다수 부처가 관련된 조세지출은 해당 부처에서 각각 작성
하여 제출
※ 소관분류에 이의가 있는 경우 이관부처를 지정한 후 기획재정부와 협의하여 조정
§ 부처가 평가서 작성시 소관 조세지출제도의 특성을 고려한
자율항목*을 추가하는 것을 허용하여 평가의 타당성 개선
* 기존 6개 평가항목 외에 제도의 성과를 측정할 수 있는 평가항목
§ 금년 제출된 평가서의 충실도에 대한 한국조세재정연구원의
부처별 평가결과를 ’21년 조세지출 기본계획부터 포함.공개 예정

- 21 -
Ⅱ. ’20년 부처별 조세지출 평가서 및 평가계획서 작성항목
. 조세지출 평가서 작성항목(’20년말 일몰도래 66개* 항목)
* 1개 항목이 여러 부처에 관련되는 경우 각 부처별로 중복 계산
부처명 법률 조문 항 호 목 주요 내용
고용
노동부
조특 29의3 　　　경력단절여성 재고용 중소기업에 대한 세액공제
조특 29의4 　　　근로소득증대세제
조특 30의2 　　　중소기업 비정규직의 정규직 전환시 세액공제
조특 30의4 중소기업 사회보험료 세액공제(신규가입자)
과학
기술
정보
통신부
조특 25의7 초연결 네트워크 구축을 위한 시설투자에 대한 세액공제
교육부 조특 29의2 　　　산업수요맞춤형고등학교등 졸업자를 병역 이행 후
복직시킨 중소기업 세액공제
국토
교통부
조특 77의3 　　　개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지 등
양도소득세 감면
조특 104의
14 제3자 물류비용에 대한 세액공제
조특 104의
26 　　　정비사업 취소에 따른 시공사 채권의 손금산입
조특 106 ① 4의2
4의3 　공동주택 관리용역에 대한 부가가치세 면제
조특 106 ① 9의3 　개인택시용 차량 구입비에 대한 부가가치세 면제
조특 108 재활용폐자원 등 부가세 매입세액 공제특례(중고차)
금융
위원회
조특 16의5 산업재산권 현물 출자이익 과세특례
조특 72 ① 1 　조합법인 법인세 과세특례(신협)
조특 88의2 비과세종합저축에 대한 과세특례
조특 88의5,
89의3
조합 등 출자금에 대한 과세특례, 조합 등 예탁금에
대한 과세특례(신협)
조특 117 ① 2의5,3
금융시장 효율화·안정화를 위한 증권거래세 면제
농림
축산
식품부
조특 69의2 　　　축사용지에 대한 양도소득세의 감면
조특 71 　　　영농자녀가 증여받는 농지 등에 대한 증여세의 감면
조특 72 ① 2 　조합법인에 대한 법인세 과세특례(농협)
조특 87의2 　　　농어가목돈마련저축에 대한 비과세
조특 88의5,
89의3
조합 등 출자금에 대한 과세특례, 조합 등 예탁금에
대한 과세특례(농협)
조특 99의4 　　　농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례
조특 105 ① 5 　농업·축산업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율
조특 106 ② 9 　농민이 직수입하는 농·축산용 기자재 부가가치세 면제
문화
체육
관광부
조특 107의2 　　　외국인관광객 숙박용역에 대한 부가가치세 환급특례
조특 136 ③ 　　문화접대비 손금산입 한도 확대
- 22 -
부처명 법률 조문 항 호 목 주요 내용
보건
복지부
조특 106 ① 11 　영유아용 기저귀와 분유에 대한 부가가치세 면제
조특 107의3 　　　외국인관광객 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 환급특례
산업
통상
자원부
조특 28의3 설비 투자자산의 감가상각비 손금산입 특례
조특 33의2 ① 사업전환 중소기업 및 무역조정지원기업에 대한 세액감면
조특 60 　　　공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례
조특 61 　　　법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전시
양도차익 법인세 과세특례
조특 63 　　　수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 세액감면
조특 63의2 　　　법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전시 법인세 등 감면
조특 85의8 　　　중소기업의 공장이전에 대한 과세특례
조특 109 ④ 　　전기자동차에 대한 개별소비세 감면
산림청
조특 71 　영농자녀가 증여받는 농지 등에 대한 증여세의 감면
조특 72 ⓛ 6 　조합법인에 대한 과세특례(산림조합)
조특 85의10 　　　국가에 양도하는 산지에 대한 양도소득세의 감면
조특 88의5,
89의3
조합 등 출자금에 대한 과세특례, 조합 등 예탁금에
대한 과세특례(산림조합)
조특 105 ① 5 　임업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율
조특 106 ① 12 　임산물중 목재펠릿에 대한 부가가치세 면제
중소
벤처
기업부
조특 7 ① 중소기업에 대한 특별세액감면
조특 7의4 　　　상생결제 지급금액에 대한 세액공제
조특 13 　　　중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등 비과세
조특 14 　　　창업자 등에의 출자에 대한 과세특례
조특 15 벤처기업 출자자의 제2차 납세의무 면제
조특 16 　　　중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제
조특 28의3 설비 투자자산의 감가상각비 손금산입 특례
조특 72 ① 5 　조합법인 등에 대한 법인세 과세특례(중소기업협동조합)
조특 117 ① 1등 　중소기업 지원을 위한 증권거래세 면제
환경부
조특 106 ① 5 　온실가스 배출권 거래에 대한 부가가치세 면제
조특 106 ① 9의2
　전기 시내버스에 대한 부가가치세 면제
행정
안전부
조특 72 ① 1 　조합법인 등에 대한 법인세 과세특례(새마을금고)
조특 88의5,
89의3
조합 등 출자금에 대한 과세특례, 조합 등 예탁금에
대한 과세특례(새마을금고)
해양
수산부
조특 69의3 어업용 토지등에 대한 양도소득세의 감면
조특 71 　　　영농자녀가 증여받는 농지 등에 대한 증여세의 감면
조특 72 ① 4 　조합법인 법인세 과세특례(수협)
조특 87의2 　　　농어가목돈마련저축에 대한 비과세
조특 88의5,
89의3
조합 등 출자금에 대한 과세특례, 조합 등 예탁금에
대한 과세특례(수협)
조특 105 ① 6 　어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율
조특
106 ① 1
도서지방 자가발전용 석유류에 대한 간접세 면제 111 ① 2
조특 106 ② 9 　어민이 직수입하는 어업용 기자재에 대한 부가가치세 면제
조특 106의2 ① 2 연안운항여객 선박용 석유류에 대한 간접세 면제
조특 121의25 ⑦,⑧
　　수산업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례(명칭사용용역
및 전산용역 공급에 대한 부가가치세 면제)

- 23 -
. 조세지출 평가서 작성항목(일몰 없는 28개 항목)
부처명 법률 조문 항 호 목 주요 내용
고용
노동부 조특 88의4 　　　우리사주조합원 등에 대한 과세특례
교육부 소득 59의4 ③ 　교육비 세액공제
국방부 조특 114 　　　군인 등에게 판매하는 물품에 대한 개별소비세, 주세 면제
국세청
조특 100의 외 　　　근로장려금 지급
조특 126의3 　　　현금영수증 사업자 및 가맹점에 대한 과세특례
소득 56의2 　　　기장세액공제
국토
교통부
조특 95의2 　　　월세액에 대한 세액공제
조특 97의4 　　　장기임대주택에 대한 과세특례
소득 12 　3 (거) 국외에서 근로를 제공하고 받는 급여 비과세
소득 52 ④,⑤
　　무주택 근로자의 주택자금 관련 특별공제
농림
축산
식품부
조특 70 　　　농지대토에 대한 양도소득세 감면
조특 70의2 　　　경영회생 지원을 위한 농지매매 양도소득세 감면
조특 121의23 ⑥,⑨
　　농협 분할 등에 대한 과세특례
문화
체육
관광부
조특 104의22 　　　기업의 운동경기부 설치운영에 대한 과세특례
개소 19의2 　1,2 　골프선수의 골프장 이용에 대한 개별소비세 면제
개소 19의2 　3 　폐광지역 카지노에 대한 개별소비세 저율과세 등
보건
복지부
조특 75 　　　기부장려금
조특 100의27외 　　　자녀장려세제
조특 106 ① 4의4 　노인복지주택 관리용역에 대한 부가가치세 면제
조특 106 ① 10 　희귀병 치료제에 대한 부가가치세 면제
소득 12 　3 (너) 국민건강보험료 등 사용자부담금에 대한 비과세
소득 59의4 ② 　　　
의료비 세액공제
소득 59의4 ④ 　　개인 기부금 세액공제
선거
관리
위원회
조특 76 　　　정치자금의 손금산입특례 등
여성
가족부
소득 51 ①　3 　부녀자 추가공제
소득 51 ① 6 　한부모 추가공제
외교부
조특 110 　　　외교관용 등 승용자동차에 대한 개별소비세 면제
조특 111의4 　　　외교관용 등 자동차 연료에 대한 개별소비세 등의 환급
- 24 -
. 조세지출 평가계획서 작성항목(44개 항목)
부처명 법률 조문 항 호 목 주요 내용
고용
노동부
조특 25 ① 4　　근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제
조특 29의7 　　　고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제
조특 30의3 　　　고용유지 중소기업 등에 대한 과세특례
과학
기술
정보
통신부
조특 10 ① 1 신성장·원천기술연구개발비에 대한 세액공제
조특 11 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제
조특 12의2 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한
법인세 등의 감면
교육부 조특 106 ① 2 공장.학교 등의 급식용역제공에 대한 부가가치세 면제
국방부 조특 91의19 장병내일준비적금 이자소득 비과세
국세청 조특 122의3 성실사업자에 대한 의료비 등 공제
국토
교통부
조특 62 공공기관이 혁신도시로 이전하는 경우 법인세 등 감면
조특 77의2 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례
조특 85의7 공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장 이전에 대한
과세특례
조특 87 ③ 청년 우대형 주택청약종합저축 비과세
조특 96의2 상가건물 장기 임대사업자 세액감면
조특 121의8 제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의
감면
조특 121의9 제주투자진흥지구·자유무역지역 입주 기업에 대한
법인세 등의 감면
조특 121의17 기업도시개발구역 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면
금융
위원회
조특 91의18 개인종합자산관리계좌(ISA) 과세특례
조특 117 ① 5 금융시장 효율화·안정화를 위한 증권거래세 면제
조특 121의21 금융중심지 창업기업 등에 대한 세액 감면
농림
축산
식품부
조특 64 농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면
조특 66 영농조합법인 등에 대한 법인세 면제 등
조특 68 농업회사법인에 대한 법인세 면제 등

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부처명 법률 조문 항 호 목 주요 내용
문화
체육
관광부
조특 121의22 국가식품클러스터 입주기업에 대한 법인세 등의 감면
조특 121의20 아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한
법인세 등의 감면
산업
통상
자원부
조특 18 외국인기술자에 대한 소득세 면제
조특 25 ①　2　　에너지절약시설 투자에 대한 세액공제
조특 25 ①　3　　환경보전시설투자에 대한 세액공제
조특 25 ① 6　　생산성향상시설 투자에 대한 세액공제
조특 99의9 위기지역 내 창업기업 세액감면
조특 104의24 해외진출 기업의 국내복귀에 대한 세액감면
조특 118의2 해외진출기업의 국내복귀에 대한 관세 감면
중소
벤처
기업부
조특 5 중소기업 등 투자 세액공제
조특 6 창업중소기업 등에 대한 세액감면
조특 12의4 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제
조특 16의2 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세특례
조특
16의3,
16의4
벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부·과세특례
조특 19 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 등
조특 29의6 중소기업 청년근로자 및 핵심인력 성과보상기금
수령액에 대한 소득세 감면 등
조특 46의7 전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한
과세특례
조특 46의8 주식매각 후 벤처기업등 재투자에 대한 과세특례
해양
수산부
조특 67 영어조합법인의 법인세 면제등
환경부
조특 25 ①　2　　에너지절약시설 투자에 대한 세액공제
조특 25 ①　3　　환경보전시설투자에 대한 세액공제